兩法銜接機制主要存在以下問(wèn)題：
1、兩法銜接機制法律法規不健全，影響了兩法銜接機制的運作效果。目前我國關(guān)于“兩法銜接”機制的框架主要單一行政法規、部級規章等法規性文件組成，法律位階較低，約束力不強，缺乏可操作性。
2、責任追究機制不完善，致使監督缺少強制力，造成行政執法機關(guān)重視不足，難以取得實(shí)效。
3、行政執法與刑事司法存在著(zhù)證據上不銜接問(wèn)題。刑訴法對證據有嚴格的主體規定，行政機關(guān)作為行政處罰的主體收集的證據能否直接作為刑事司法的證據，缺乏法律依據，刑事司法機關(guān)往往不予采信，需重新收集，這就增加了工作強度，且有些行政機關(guān)執法人員證據意識不強，未能及時(shí)采取合法有效方式固定收集證據，導致有些證據無(wú)法再收集。
4、“以罰代刑”的思想及地方保護、部門(mén)利益的驅動(dòng)。出于對本單位的利益的考慮，行政執法機關(guān)在執法過(guò)程中將查處的涉嫌犯罪的案件進(jìn)行罰款等行政處罰方式處理，而不移送司法機關(guān)啟動(dòng)刑事訴訟程序，依法追究刑事責任。
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