廈門(mén)海洋珍稀物種自然保護區位于福建省廈門(mén)市海域，總面積33088公頃。保護區由原有的廈門(mén)中華白海豚省級保護區、廈門(mén)大嶼白鷺省級保護區和廈門(mén)文昌魚(yú)市級保護區合并而成。

保護區保護12種珍稀物種及其生境，分別是國家一級保護動(dòng)物中華白海豚，國家二級保護動(dòng)物文昌魚(yú)、黃嘴白鷺和巖鷺，以及（小）白鷺、大白鷺、中白鷺、夜鷺、池鷺、中背鷺、蒼鷺和小杓鷸等8種鳥(niǎo)。其中有6種是國際雙邊候鳥(niǎo)協(xié)定的物種；白鷺是廈門(mén)市鳥(niǎo)，也是原來(lái)的省級保護動(dòng)物。

保護區是國家一級重點(diǎn)保護野生動(dòng)物中華白海豚的兩個(gè)主要分布區之一（另一個(gè)主要分布為珠江口海域），現有種群數量約40頭左右，但種群結構尚能保證其繁衍后代，具有極為重要的保護價(jià)值和研究?jì)r(jià)值。保護區還是國家二級重點(diǎn)保護生動(dòng)物文昌魚(yú)的主要產(chǎn)地之一，文昌魚(yú)是無(wú)脊椎動(dòng)物和脊椎動(dòng)物間的代表類(lèi)群，在動(dòng)物進(jìn)化研究和動(dòng)物學(xué)教學(xué)方面具有重要的意義。此外，區內大嶼島，雞嶼等島嶼上還分布有黃嘴白鷺、巖鷺、白鷺等10種濱海鳥(niǎo)類(lèi)，種群數量近3萬(wàn)只，并為黃嘴白鷺的模式種產(chǎn)地。