南澳島上，寺廟可不少。就明朝陳天資《東里志》等史書(shū)記載而言，最早佛門(mén)就是創(chuàng )自宋朝的云蓋寺（原稱(chēng)三寶寺，明重修時(shí)易名）。它已于1992年8月15日由縣政府公布為第二批文物保護單位。自1985年起歷經(jīng)16載，由住持釋通教尼師艱苦備嘗，募資重建擴大，于2001年10月5日落成開(kāi)光。

明萬(wàn)歷二年（1574）陳天資《東里志·疆域志》載曰：“云蓋寺在南澳之東南，宋時(shí)所建，石上有‘紫云華蓋’四字”。明朝時(shí)，因云蓋寺遐邇聞名，故也成為寺下數村地域總稱(chēng)，后才簡(jiǎn)稱(chēng)為“云澳”至今。

古剎不知幾經(jīng)浮沉，明季海盜交匯，寺遂蕩然，后重建。相傳最盛時(shí)有梯式而上堂宇9座，因僧不道受剿，拆存后座觀(guān)音院（即今址）。十年“文革”中的1966年冬，“革命造反派”上山闖寺剿毀文物，連香案也扛走，并驅逐尼師，令古剎一片凄涼。4斤重的鉎質(zhì)僧盂等皆丟失。

1976年，“文革”亂歇。1980年起尼師歸寺。1985年志，幸得香港定因法師、新加坡惟澤、惟堅尼師等首先資助，不斷修葺、重建、擴大古剎。

2000年新創(chuàng )山門(mén)，進(jìn)入前門(mén)樓，右邊向海高墻上中間，屹立著(zhù)一座重建一新的妙香亭，夏日花開(kāi)，清風(fēng)徐來(lái)，著(zhù)人神爽。閑坐其中，窺望窗外，則見(jiàn)官嶼浮于天上，宋井所在海灘林濤青翠，引為奇觀(guān)。與亭隔一空埕的大殿，是全寺之中心，人們往往以為它是“大雄寶殿”，但大殿內佛龕，主奉的不是釋迦牟尼佛，卻是觀(guān)音，十分特殊，相傳這是緣于古剎原9座堂宇被拆存這觀(guān)音院之故，它于1999年農歷五月十七日動(dòng)工重建，十二月竣工。重建一新的云蓋寺，坐東北向西南，建筑面積約700平方米的千年古剎。

大殿兩廂，新筑房舍，東者為樓，西者平房。有后門(mén)樓（與前門(mén)樓相對），路通山巒，別有天地，近有嶙峋石巖，下涌泉不息，古樹(shù)遮掩。