船山書(shū)院于光緒四年（1878）由張憲和創(chuàng )建于衡陽(yáng)迥雁峰下的王衙坪王氏宗祠。書(shū)院內仍祭祀船山神位，旨在學(xué)習、研究“船山學(xué)說(shuō)”，傳播“船山思想”。這是中國最早以“船山”命名的學(xué)堂。

清光緒十年（1884），船山書(shū)院正式招收生徒，擇師主講，聘請李楊華為首任山長(cháng)，書(shū)院章程由衡陽(yáng)知縣張憲和奉學(xué)院令仿照廣東學(xué)堂制定，“不重科舉之學(xué)，授經(jīng)史詩(shī)賦”。當時(shí)的兩江總督曾國荃也“將家藏所刻《船山遺書(shū)》322卷板片捐置書(shū)院”（《彭剛直公奏稿》卷6《改建船山書(shū)院片》）。

清光緒十一年（1885）3月15日，彭玉麟認為船山書(shū)院逼近城市，不適合讀書(shū)，上 書(shū)奏請朝廷。并獨捐銀12000兩將船山書(shū)院遷建于湘江中的東洲島。初時(shí)建筑為三進(jìn)四合院的古典式建筑，有大門(mén)、講學(xué)堂、紀念堂、會(huì )客堂、藏書(shū)館、精舍、湘綺樓等建筑，教學(xué)以“講明夫子之學(xué)”、“扶植人才”為目的，規定“分經(jīng)授徒”，“每月官師兩課”，“分經(jīng)命題，合卷發(fā)榜”，月課榜首之卷，收入《課藝》刊行。然其時(shí)學(xué)風(fēng)日下，收效甚微。

清光緒十七年（1891），彭玉麟親自聘請王闿運為山長(cháng)。因為王闿運嫌該書(shū)院后房狹小，彭玉麟又捐銀在書(shū)院后重建樓房5間（于1902年建成），題名“湘綺樓”，作為王闿運的書(shū)齋及住房，自此王闿運在此主持書(shū)院達20余年（1891—1915）。王力倡船山之學(xué)，人稱(chēng)“經(jīng)學(xué)大明，弟子稱(chēng)盛”，“湖南耆老皆出其門(mén)”，如楊度、夏壽田、蔣嘯青、陳兆奎、程崇信等。清末改書(shū)院為學(xué)堂時(shí)，王仍堅持未改，僅于1898、1901年略定課程，1905年分4科教學(xué)。1915年改為船山存古學(xué)堂，王作《船山書(shū)院記》以奠。其后相繼于1922年改為船山國學(xué)院，1925年改為船山文科大學(xué)，1926年改為船山中學(xué)等。

尋訪(fǎng)船山書(shū)院，需要乘船上東洲島，幾株百年古樟首映眼簾，一條彎彎曲曲的古石板路沿著(zhù)圍墻在幾株古樟之間蜿蜒而上，探探尋尋地向小島深處延伸。從幾近傾塌的大門(mén)進(jìn)去，除了幾垛青磚墻壁尚稱(chēng)得上完好外，門(mén)窗、樓板、屋頂和頂棚都已七零八落。眼前荒敗之景與當年彭玉麟所提“一瓢草堂遙，愿諸君景仰先型，對門(mén)外岳峻湘清，想見(jiàn)高深氣象；三篙桃浪渡，就此地宏開(kāi)講舍，看眼前鳶飛魚(yú)躍，無(wú)非活潑天機”聯(lián)語(yǔ)中充盈的活潑生機已是相去甚遠了。木質(zhì)的大門(mén)和窗欞斑駁粼粼，刻滿(mǎn)了時(shí)光的印記。大院內還有一株被島上居民供奉的五指神樟，據說(shuō)已有1000多歲。有人說(shuō)是樟樹(shù)成精，五根挺拔的樹(shù)干是王介之、王船山、彭玉麟、夏明翰、楊度等五人的化身，雖是傳說(shuō)，又有些牽強附會(huì )，可由此也可看出這些人在衡陽(yáng)歷史上的重要影響，后人對他們的景仰與懷念。

船山書(shū)院的影響遠遠不僅于此，從船山書(shū)院也曾經(jīng)走出了夏明翰等共產(chǎn)主義先驅?zhuān)泄矂?chuàng )始人之一的何叔衡也是王船山的推崇者，毛澤東在老師楊昌濟和何叔衡的影響下，也看重船山學(xué)說(shuō)。1921年，毛澤東在何叔衡的支持下，利用船山學(xué)社和學(xué)社經(jīng)費，創(chuàng )辦湖南自修大學(xué)，培養一大批革命人才。成為領(lǐng)導全中國各族人民推翻“三座大山”的革命中堅。新中國成立后的第二年，毛澤東親筆書(shū)寫(xiě)“船山學(xué)社”匾額，1956年，船山學(xué)社重修竣工，毛澤東又再次書(shū)寫(xiě)“船山學(xué)社”4個(gè)大字，以紀念這位偉大的思想家。