內蒙古庫都爾河濕地公園位于內蒙古大興安嶺重點國有林管理局庫都爾林業(yè)局局址西南部，緊鄰庫都爾鎮(zhèn)。地理坐標介于東經121°23′49″~121°35′54 ，北緯49°56′39″~50°2′11″ 之間，北起實驗站管護所79林班10小班，南至原林管護所60林班2小班，東起愛林管護所，西達原林管護所54林班1小班，總面積5775.5hm2，其中濕地面積為3891.9hm2，濕地率67.39%。

濕地公園內主要水體為庫都爾河，庫都爾河由東向西貫穿濕地公園，園內河長19.4km。